造成秸稈及木質纖維素轉化遲遲不能走上產業化的原因主要有以下兒點：
(1)組分利用單一 即只強調單一纖維素組分的利用，其他組分作為廢棄物，既造成環境污染和資源浪費，又嚴重影響其他組分轉化利用，如：秸稈氣化中的焦油問題；熱裂解液化中產生大量酸性物質的問題；酶解纖維索中木質素機械屏蔽及纖維索酶無效吸附的問題等。其主要原因是缺乏秸稈及木質纖維素組分合理有效的拆分方法。
(2)轉化方法單一 由于缺乏天然固相有機物料分層多級利用的理念，生物法或熱化學法都無法實現秸稈及木質纖維素的纖維素、半纖維素和本質索三組分的同時利用，需要在適用于固相復雜物料過程工程理論上有新的重大拓展，帶動秸稈轉化關鍵過程的突破。
(3)秸稈及木質纖維素酶解效率低 由于纖維素酶解轉化的環境友好等優勢，該法是研究的焦點。纖維素酶及其纖維紊酶降解已經有100多年的歷史，但纖維素酶水解難，纖維素酶解發酵效率低，纖維素酶的分子轉換率較淀粉酶低兩個數量級。問題在于，缺乏獲得高效纖維素酶發酵菌株的有效途徑。應該強化纖維素酶解分子動態構效關系的基礎研究，進而為分子定向選育提供新途徑。
(4)技術陳舊 目前基本上是套用或沿用已有淀粉發酵和木材的技術，缺乏系統技術集成和相配套技術的研究。如在原料預處理上，套用造紙工業的污染技術或酶水解的傳統技術，造成原料預處理費用高和環境污染；在纖維素酶和酒精發酵上套用淀粉發酵酒精的工藝和設備，使得纖維素酶的用量大，酒糟轉化效率低，投資大，酒精直接生產成本高。
農作物秸稈可以經過
秸稈顆粒機、
秸稈壓塊機壓制成生物質成型燃料，生物質成型燃料是未來替代煤等化石能源最佳的選擇。
總之，研究工作大多仍集中在秸稈的簡單利用技術層面上，缺乏基礎性、整體性和系統性，造成我國秸稈的利用技術含量低，轉化的產品長期面臨一系列技術和質量問題。
